Theo nhận định từ một số chuyên gia, iOS 9.3 là phiên bản iOS mang tính đột phá trong lịch sử của Apple. Tuy nhiên, hạ tuần tháng 03/2016,

Hạ tuần tháng 03/2016, sau vài ngày tung ra bản cập nhật iOS 9.3, nhiều người dùng iPad đã báo cáo sự cố sau khi nâng cấp. Apple đã định tạm dừng chương trình nâng cấp phiên bản hệ điều hành mới.

Khi cập nhật các thiết bị iOS đang sử dụng lên iOS 9.3, người dùng sẽ được yêu cầu nhập lại mật mã cho Apple ID, nếu người dùng không nhớ mật mã, chắc chắn sẽ không thể kích hoạt được để sử dụng.

Hạ tuần tháng 03/2016, trang AppleInsider cho biết, một số người đang sử dụng iPad, đặc biệt là phiên bản thế hệ thứ 2, đã báo cáo sự cố khi tải về và cài đặt hệ điều hành iOS 9.3.

Trung tuần tháng 01/2016, một số nguồn tin đã phát hiện ra model iPhone thế hệ mới có thể sẽ không còn jack cắm audio 3.5mm, dựa trên phiên bản iOS 9.3 beta mới được Apple phát hành.