Khi cập nhật các thiết bị iOS đang sử dụng lên iOS 9.3, người dùng sẽ được yêu cầu nhập lại mật mã cho Apple ID, nếu người dùng không nhớ mật mã, chắc chắn sẽ không thể kích hoạt được để sử dụng.

Hạ tuần tháng 03/2016, sau vài ngày tung ra bản cập nhật iOS 9.3, nhiều người dùng iPad đã báo cáo sự cố sau khi nâng cấp. Apple đã định tạm dừng chương trình nâng cấp phiên bản hệ điều hành mới.

Trung tuần tháng 03/2016, công ty bảo mật Palo Alto Networks đã cảnh báo về một loại malware mới có thể ảnh hưởng đến tất cả các thiết bị iOS chứ không chỉ riêng các thiết bị đã jailbreak.

Tính năng live video streaming (stream video trực tuyến) trên Facebook đã xuất hiện từ năm 2015, nhưng chỉ dành cho số ít những người dùng được chọn.