Khoảng cuối tháng 01/2019, Apple đã phải thừa nhận một lỗ hổng nghiêm trọng trên FaceTime khi cho phép bất kỳ ai cũng có thể nghe được âm thanh từ thiết bị đối phương trong một cuộc gọi nhóm, trước cả khi họ trả lời cuộc gọi đó. Vì lỗ hổng FaceTime, Apple đã quyết định tạm thời vô hiệu hóa tính năng gọi nhóm của FaceTime để khắc phục nó.

Tại sự kiện CES 2019, tuy Apple không tham gia nhưng cũng đã góp một biển quảng cáo để “troll” những nhà sản xuất Android về vấn đề bảo mật trên smartphone, tuy nhiên, chưa được bao lâu, chính Apple lại mắc phải một lỗi bảo mật nghiêm trọng và đang chuẩn bị hầu toà.

Khoảng cuối tháng 01/2019, trang 9to5mac phát hiện ra một lỗi vô cùng nghiêm trọng đối với tính năng FaceTime trên những chiếc iPhone. Lỗi cho phép người dùng thực hiện cuộc gọi tới bất kỳ ai bằng FaceTime, và ngay lập tức có thể nghe được âm thanh từ thiết bị của đối phương, trước cả khi họ chấp nhận hay từ chối cuộc gọi đến.

Khoảng giữa tháng 09/2018, sau khi bị loại khỏi phiên bản thử nghiệm thứ 7 của iOS 12 do gặp phải một số lỗi kỹ thuật, tính năng cuộc gọi nhóm trong ứng dụng FaceTime đã xuất hiện trở lại trên phiên bản iOS 12.1 beta 1 được phát hành vào rạng sáng ngày 20/09/2018.

Từ khi ra mắt, FaceTime luôn là tính năng yêu thích của người dùng iOS. Thậm chí, cùng với iMessage, FaceTime cũng là một trong những lý do để người dùng gắn bó với iPhone, iPad. Dù vậy, FaceTime vẫn còn một khuyết điểm là không thể gọi điện theo nhóm.

Khoảng đầu tháng 04/2018, một số nguồn tin cho biết, Apple đã phải trả 502.6 triệu USD bồi thường cho VirnetX, vì sử dụng bằng sáng chế của công ty để tạo ra các tính năng như FaceTime và iMessenger, mà chưa được cấp phép.

Trung tuần tháng 08/2016, Google ra mắt ứng dụng gọi video Duo, sẽ cạnh tranh trực tiếp với FaceTime của Apple. Duo là một chương trình gọi video khá đơn giản,

Thượng tuần tháng 02/2016, sau một tuần xét xử, thẩm phán toà án đã quyết định Apple sẽ phải trả hơn 625 triệu USD vì các tính năng bao gồm FaceTime, iMessage và dịch vụ VPN của Apple đã vi phạm bản quyền của công ty VirnetX trong vấn đề thiết lập giao thức truyền thông bảo mật.

Apple sẽ tiến hành thực hiện tính năng bảo mật hai lớp nhằm ngăn chặn hacker xâm nhập vào một số dịch vụ phổ biến của công ty – không chỉ với iCloud mà còn với Facetime và iMessage.